该校的主要任务是对陆、海、空三军的年轻学员讲授科学文化基础知识，使他们达到地方4年制大学毕业生的水平。学校招收各军种学员应具备的基本条件是：有高中或中专毕业证书;在本军种各阶段军事训练中考核合格;服役合同期至少12年或愿成为职业军官者。
该校受国防部和州教育部双重领导，但学术问胚由学校自行解决，教授需经有关州的教育部同意后由国防部长任命。学校设校长1名。校长每届任期6年。校长为文官。校长的领导工作可得到学校评议会的有力支持，评议会是学校对一切学术活动的决策机关。学校下设教学与研究部、行政管理部、学员部3个机构。教学与研究部下辖计算机中心、语言中心、体育中心、文件资料中心、校图书馆中心，还有18个专业系，每个系有一个行政管理单位和一个专业图书馆，有的系还有若干个实验室和车间。学员部，由所有在校学习的学员组成，由一位军队勤务长官领导。该校教职人员295人，军事教官16人。专业教育全是文职人员。
军事教官的主要任务是，帮助学员复习学过的军事知识和给他们讲授新的军事专业知识;给教职人员通报军队情况;考察学员的学习情况和工作能力，毕业时提出对学员的使用意见。汉堡联邦国防军大学基本学制为3年零3个月。最后3个月为毕业考试时间，整个学习时间最长不超过4年。